Innere Parasiten lassen sich meistens durch eine Kotuntersuchung feststellen. Dabei werden mit einem Plastikhandschuh oder einem Plastiksack von einem verdächtigen Tier oder mehreren Tieren aus dem Stall frische Kotproben entnommen und zur Untersuchung weitergegeben. So kann zum Beispiel aus einer Herde ein altes, ein junges und ein mittelaltes Tier zur Probenziehung herangezogen werden. Es ist sinnvoll, die Kotproben zu beschriften, um sie nach Vorliegen des Resultates wieder den Tieren zuordnen zu können. Aus den Kotproben lässt sich ein Befall mit Magen-Darm-Würmern, Leberegeln und Lungenwürmern nachweisen. Es werden dabei über spezielle Verfahren entweder die Würmer, deren Larven oder deren Eier festgestellt. Dazu sei zu sagen, dass beim Vorliegen eines negativen Befundes bei einem Tier noch nicht Entwarnung
gegeben werden darf. Oft kann es innerhalb eines Zeitraumes zu einer verringerten Ausscheidung, beziehungsweise gar zu einem Aussetzen der Ausscheidung von Parasiteneiern kommen, zum Beispiel bei lange anhaltender Trockenheit oder auch entwicklungsbedingt. Einige Parasiten haben während der Winterperiode eine sogenannte Ruhephase und sind in diesem Zeitabschnitt auch (diagnostisch) nicht erfassbar. Daher sollte im Abstand von einigen Wochen oder auch Monaten noch einmal eine Kotprobe zur Untersuchung gebracht werden.

Ein guter Zeitpunkt ist jeweils im Frühjahr (April bis Juni) während des ersten Weideganges, oder im Herbst vor dem Einstallen!

Hautmilben lassen sich nur über ein spezielles Verfahren mit dem Mikroskop sichtbar machen, die rote Vogelmilbe des Geflügels bekommt auch der Mensch auf der Haut zu spüren.

Sehr anschaulich sind Befunde, die im Zuge von Schlachtungen erhoben werden. Grundsätzlich sollte jeder Tierbesitzer die inneren Organe und den Verdauungstrakt bei Hausschlachtungen untersuchen lassen. In den Schlachthöfen werden diese Untersuchungen im Zuge der Fleischuntersuchung ohnehin durchgeführt. Dabei werden die durch die Körperwanderung von Parasiten angerichteten Schäden in den Organen Leber und Lunge deutlich sichtbar. Oft sind aber auch die ausgewachsenen Würmer oder Egel im Magen-Darmtrakt und den inneren Organen der Tiere zu finden.

Für den Landwirt besteht die Möglichkeit, den Magen-Darminhalt von geschlachteten Tieren auf Parasiten zu untersuchen.

Dafür gibt man in einen weißen Plastikeimer zwei bis drei Hände voll Labmagen- oder Darminhalt und schwemmt ihn mit Wasser auf. Dadurch werden die Parasiten besser sichtbar gemacht.

Manche Parasiten, wie etwa die Bandwürmer, können mehrere Meter Länge haben, andere sind nur wenige Millimeter lang und können nur vom geschulten
Auge erkannt werden.

Vielen Metzgern sind die typischen Veränderungen in der Leber und Lunge von Rind, Schwein, Schaf oder Ziege bzw. in Darm und Leber des Huhnes beim Befall mit Parasiten bekannt. Diese Organe sind dann nicht mehr zum menschlichen Verzehr geeignet.

Zu guter Letzt gibt es noch die Möglichkeit einer serologischen Untersuchung bei einzelnen Tieren. Durch einige Blutparameter kann festgestellt werden,
ob ein Befall mit Parasiten vorliegt oder nicht. Diese Methode ist jedoch sehr kostspielig und daher auf Einzellfälle beschränkt.

Auf jeden Fall sollte bereits bei Verdacht auf eine Endo- oder Ektoparasitose bei einem Tierarzt oder einer Untersuchungsstelle fachkundiger Rat eingeholt werden!